稻鱼共生文化博物馆作为全球第一个重要农业文化遗产主题博物馆，是全球重要农业文化遗产在中国展示、宣传、科普和交流的重要窗口。博物馆分为两大展区，一层为“全球-中国重要农业文化遗产馆”“中国水稻文化展示馆”“瓯江淡水鱼展示馆”三馆合一展区，二层为“青田稻鱼共生系统”主展区。